金沙澳门官网网址:序列比对

作者: 金沙澳门官网网址  发布:2019-10-04

hisat2的用法

编写bash脚本:map.sh

cd ~/reference
mkdir -p index/hisat && cd index/hisat
wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz
wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/mm10.tar.gz
tar zxvf hg19.tar.gz
tar xvzf mm10.tar.gz

官网:

把fastq格式的reads比对上去得到sam文件,接着用samtools把它转为bam文件,并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好(可以使用管道实现,省去中间SAM保存的过程,直接输出BAM文件)

bash map.sh

比对到基因组序列,多重比对reads;

比对、排序、索引

相关质控软件除了Picard,RSeQC,Qualimap还有一大堆

本作业是比对到基因组,所以使用gapped or splices mapper,此流程已经更新。TopHat首次被发表已经是7年前,STAR的比对速度是TopHat的50倍,HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。

任务列表

运行脚本: 

-c:断点续传

  • 比对软件
  • hisat2的用法
  • 下载index文件
  • 比对、排序、索引
  • 质量控制
  • 载入IGV,截图几个基因

对bam文件进行简单QC

比对上的reads占总reads的百分比;

下载index文件

质量控制

Reads比对到外显子和参考链上的覆盖度是否一致;

Reads比对后的质量控制(评估比对质量的指标)

#! usr/bin/bash
set -u
set -e
set -o pipefail
hg19_ref=/mnt/hgfs/2017/reference/index/hisat/hg19/genome
mm10_ref=/mnt/hgfs/2017/reference/index/hisat/mm10/genome
data_path=/mnt/hgfs/2017/rna_seq/data
NUM_THREADS=25
ls --color=never Homo*1.fastq.gz | while read id;do(~/biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2 -t -p $NUM_THREADS -x $hg19_ref -1 $data_path/${id%_*}_1.fastq.gz -2 $data_path/${id%_*}_2.fastq.gz 2 > ${id%_*}_map.log | samtools view -Sb  - > ${id%_*}.bam);done
ls --color=never Mus*1.fastq.gz | while read id;do(~/biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2 -t -p $NUM_THREADS -x $mm10_ref -1 $data_path/${id%_*}_1.fastq.gz -2 $data_path/${id%_*}_2.fastq.gz 2 > ${id%_*}_map.log | samtools view -Sb  - > ${id%_*}.bam);done
ls --color=never *.bam | while read id;do(samtools sort --threads $NUM_THREADS $id -o ${id%.*}_sorted.bam);done
ls --color=never *_sorted.bam | while read id;do(samtools index $id);done

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